Nec, un valeroso guerrero debe liberar a su planeta natal Skyla de una invasión surgida de otro tiempo y otra dimensión, viajando simultáneamente por el presente y el pasado. Basándose en este argumento, Chronos Twin cuenta con un desarrollo muy original en el que la acción discurre en las dos pantallas a la vez, permitiendo combatir y sortear todo tipo de peligros, así como resolver interesantes puzzles usando activamente la doble pantalla de DS.