La historia de Samus continúa tras los acontecimientos de Metroid Fusion cuando aterriza en el planeta ZDR para investigar una misteriosa transmisión enviada a la Federación Galáctica. Este planeta remoto está totalmente dominado por agresivas formas de vida alienígena y seres mecánicos aterradores. Samus es más ágil que nunca, pero ¿logrará escapar de las garras de la amenaza inhumana que merodea por las profundidades de ZDR?

Los E.M.M.I. eran originalmente máquinas para extraer ADN, pero ahora se han transformado en implacables cazadores que no darán tregua a Samus. Deberás esquivar a los E.M.M.I. para escapar de una muerte segura y cruel, mientras buscas la manera de acabar con ellos. ¡Descubre la razón por la que estos robots son ahora una de las mayores amenazas de ZDR y escapa con vida del planeta!