Doodle Hex ha sido creado específicamente para el formato de DS y utiliza de forma innovadora la pantalla táctil dentro de un inteligente sistema de hechizos. Los jugadores, denominados ‘Doodlers’, se inscriben en un Colegio de Runas un tanto especial, donde son enseñados con el intrincado sistema de runas y su uso dentro de la magia elemental. De todos modos, el tedio creado por estas clases suele ser interrumpido por el fantasma de la escuela, Kalamazoo, quien organiza combates entre los estudiantes como forma de probar sus conocimientos en el arte de lanzar runas.

De este modo, Doodle Hex toma la forma de un juego de combate mágico competitivo, donde los jugadores utilizan el stylus de la DS para dibujar runas en el centro de la pantalla, invocando hechizos que transformarán, dañarán y debilitarán a su oponente. El objetivo del juego es acabar con la energía de tu oponente antes de que él haga lo mismo con la tuya.