En el año 2142, en el misterioso interior del súper-ordenador cuántico creado por Lambert Wilson, hay un ciber-universo rodeado por cubos brillantes y coloridos llamados Net-Cubes. En su interior, albergan fantásticos mundos virtuales de estructuras pixeladas y abstractas. Está libre de amenazas como hackers, ciber-espionaje u organizaciones corporativas y gubernamentales. Pero eso no significa que no alberguen sus propias amenazas; como el villano de la Net-Cube roja: Cracksom Virus. Este virus dominante está poniendo en peligro a todas las Net-Cubes de ser eliminadas permanentemente y poder así expandir su imperio de corrupción al mundo real, abandonado por los seres humanos.

Mientras tanto, un algoritmo mensajero llamado E-Mailer llega al mundo de Bloxland Qubitown, el hogar de Randy y Manilla, dándoles una advertencia urgente: todo el ciberuniverso está en grave peligro de ser destruido por Cracksom. E-Mailer sabe que son los únicos que pueden detenerle. Además, según el alcalde Blue Quantáramo, nuestros héroes tienen una programación oculta y un poder que evita que el propio Cracksom los corrompa. Y así, aceptan la misión y se embarcan una gran aventura hacia todas las diferentes Net-Cubes. E-Mailer también acompañará y abrirá portales para que nuestros héroes puedan acceder a los nuevos mundos.